Gráficos de probabilidades de modelos logit/probit

Datos:

library(Zelig)
data(turnout)

Modelos:

m1 <- glm(vote ~ age + I(age^2) + educate + income + race, data=turnout)
m2 <- glm(vote ~ age + I(age^2) + educate + income + race, family=binomial(link="probit"), data=turnout)

Predicciones (variando la edad y manteniendo las demás variables independientes en las medias muestrales):

sim <- data.frame(age=17:95,
educate=mean(turnout$educate),
income=mean(turnout$income),
race="white")

Gráfico: logit (y apariencia general)

plot(17:95, predict(m1, sim, type="response"),
type="l",
ylim=c(0, 1),
ylab="Probabilidad de votar",
xlab="Edad")

Gráfico: añadir la predicción del modelo probit

lines(17:95, predict(m2, sim, type="response"), lty="dotted")

Gráfico: leyenda

legend(x="bottomright",
bty="n",
legend=c("logit", "probit"),
lty=c("solid", "dotted"),
cex=.9)

Instalar JGR en Ubuntu

JGR, como indica su nombre, es un “Java GUI for R”, una aplicación que permite utilizar R con una interfaz gráfica. Es especialmente útil desde Linux, pues en este sistema operativo R se ejecuta, por defecto, a través de la consola. Hay otros programas con el mismo propósito, como Rcmdr, PMG, RGnome o RKWard. No es que JGR sea mejor que éstos – de hecho, RKWard parece el más completo hasta el momento. Yo lo prefiero porque facilita tanto el aprendizaje como el uso de R, pero sin convertirlo en SPSS, esto es, sin eliminar la necesidad de escribir los comandos. El lenguaje de comandos es un obstáculo para quien se acerca a R por primera vez, pero a medida que uno lo domina se convierte en una ventaja frente a los programas donde todo se hace con unos cuantos clicks.

Veamos los pasos a seguir para instalar JGR en Ubuntu.

1. Previamente hay que tener instalado R, según ya conté aquí.

2. Instalar Java Development Kit. Desde la consola, escribimos:

sudo apt-get install sun-java6-jdk

3. Habilitar Java en R. Desde la consola:

sudo R CMD javareconf

4. Iniciar R como superusuarios (desde la consola: sudo R) e instalar el paquete JGR, cargarlo y actualizarlo:

install.packages('JGR', dep=T)
library(JGR)
JGR(update=T)

Con eso debería bastar. Quizá haga falta reiniciar el sistema para que todo funcione correctamente. Para abrir JGR hay que ejecutar R y entrar los siguientes comandos:

library(JGR)
JGR()

Otra opción, más rápida, es añadir un lanzador al menú de programas de Ubuntu. Le damos al panel con el botón derecho y marcamos “Editar los menús”. Seleccionamos “Elemento nuevo” y en “Comando” introducimos el path que lleva al script “run” de JGR. Éste puede variar según el ordenador, pero en mi caso era /usr/local/lib/R/site-library/JGR/scripts/run (si no es exactamente ese, andará cerca).

Enlaces útiles:

Página de JGR
Getting R setup in Ubuntu (también JGR, Rcmdr y RKWard)

Instalar R en Ubuntu

Instalar la última versión de R en Windows es sencillísimo. Sólo hace falta bajarse el paquete de instalación y ejecutarlo. Eso crea un icono específico que lleva directamente al programa. Así de fácil.

En Ubuntu (o cualquier otra distribución de linux), la cosa se complica considerablemente. Para empezar, en condiciones normales R funciona dentro de la consola o terminal, y por lo tanto no tiene una GUI propia como sucede con Windows. Además, si uno quiere instalarse la última versión, no siempre va a poder hacerlo a través de Synaptic, porque los repositorios tardan algún tiempo en publicar los programas.

Los pasos a seguir para instalar la última versión de R (2.7.0 cuando escribo esto) son:

1. Añadir el repositorio CRAN para Ubuntu a la lista de repositorios. Para ello, primero tenemos que editar el archivo /etc/apt/sources.list. Desde la consola, escribimos:

sudo gedit /etc/apt/sources.list

Esto abre el archivo sources.list en el editor Gedit (o el que hayamos elegido). Le añadimos la línea siguiente:

deb http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu hardy/

Cambiando “hardy” por la versión de Ubuntu que estemos utilizando, si es que tenemos otra. A continuación guardamos el archivo y cerramos el editor.

2. Para poder leer los archivos CRAN que acabamos de definir, es necesario habilitar una clave. Desde la consola, escribimos:

gpg --keyserver subkeys.pgp.net --recv-key E2A11821
gpg -a --export E2A11821 | sudo apt-key add -

3. Ahora ya podemos instalar R normalmente, con la seguridad de obtener la última versión. Desde la consola:

sudo aptitude update
sudo aptitude install r-base
sudo aptitude install r-base-dev
sudo aptitude install r-recommended

Hecho. Para empezar a trabajar con R, simplemente debemos escribir “R” (mayúscula) en la consola.